投标保函和投标保证金的主要区别在于其形式和操作方式。
投标保证金是投标人在招标投标活动中随投标文件一同递交给招标人的一定金额的投标责任担保，其目的是保证投标人在递交投标文件后不得撤销投标文件，中标后不得无正当理由不与招标人订立合同，在签订合同时不得向招标人提出附加条件，或者不按照招标文件要求提交履约保证金，否则招标人有权不予返还其递交的投标保证金。
投标保函是在招投标过程中，由担保人（通常是银行）向招标人出具的一种书面保证，保证投标人在中标后能够履行合同义务，如果投标人违反合同义务或出现其他违约行为，担保人将承担相应的赔偿责任。