北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所与医院主体并称“一院三所”，成为集医疗、教学、科研、预防、国际交流五位一体的医疗科研联合体。眼科、耳鼻咽喉科为教育部批准的国家临床重点学科，变态反应(鼻过敏)科为原国家卫生和计划生育委员会批准的国家临床重点专科，中医眼科学为国家中医药管理局批准的中医重点学科。首都医科大学北京眼科学院和耳鼻咽喉科学院设在院内。医院设有世界卫生组织防盲合作中心和世界卫生组织防聋合作中心，附设北京同仁眼库(国际眼库协会会员)。

同仁医院历经百余年发展，凝练出“精诚勤和”的医院精神。在新的历史时期，同仁人将继承和发扬百年同仁优良传统，弘扬主流文化，苦练内功，精于内涵，团结一致，创新发展，努力为人民群众提供优质、、快捷的医疗服务。

医院设有眼底科、青光眼科、眼外伤科、白内障中心、视光中心、眼角膜科、眼肿瘤科、眼肌科、眼中医科、眼整形科、临床检查中心、中心防盲办公室、同仁眼库、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、头颈外科、中心防聋办公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、变态反应科、心内科、心外科、神经内科、消化内科、呼吸内科、肾内科、内分泌科、血液科、风湿免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科为原卫生部批准的国家临床重点专科，变态反应科为国家卫生和计划生育委员会批准的国家临床重点专科，中医眼科学为国家中医药管理局批准的中医重点学科。

北京同仁医院眼底专科现有在职主任医师11人，副主任医师14人，是国内规模大、综合实力强的眼底病团队。团队骨干拥有各自明确的临床专长和相关研究方向，在视网膜脱离、糖尿病视网膜病变、高度近视、黄斑部疾病、眼底肿瘤等多种常见及疑难复杂眼底病的临床领域处于国际前沿。