截留物沉积于滤芯内部，需要定期人工拆洗，以确保机器正常运作。另一类是更为先进的自洁式净水器，机内设计两条通道，增加了一条洗涤水通路，作为平常普通生活用水的洗涤水经过通路时对机内滤芯特别是膜滤芯的原水侧起到冲刷以达到自行清洁的作用，并利用开闭洗涤水的瞬间即头尾两段本来就流掉的水将截留的污物及时并快速的排出，此结构设计得合理，省去人工拆洗的麻烦，免除机构本身的再次污染，同时，又降低了能耗费用。

自洁式净水器不同于市面上所见到的自动排污净水器、电脑自动冲洗净水器和自动反冲洗净水器，前者是整机自洁，也就是说对机器内部的所有滤芯都有一定的自行清洁功能；后者仅对其中一个滤芯进行冲洗而非整机。通俗的讲，自洁式净水器相当于在管路上安了垃圾处理器，污物随时清理出去，不在机内停留。而传统非自洁式净水器等于在房间内搁置了多个垃圾桶，污物平常暂存于机内，故需要定期排污、拆洗和频繁更换滤芯。

净水器的功能就是过滤水中的漂浮物、重金属、、病毒、余氯、泥沙、铁锈、微生物等都去除掉，它具备精度高的过滤技术，家庭使用的净水器五级过滤技术级为滤芯又称PP棉滤芯（PPF），第二级颗粒活性碳（UDF）滤芯，第三级为精密压缩活性炭（CTO）滤芯，第四级为反渗透膜或超滤膜，第五级为后置活性炭（小T33）。

水器材料与否在国标《生活饮用水水质处理器卫生与功能评价规范——一般水质处理器》中有严格要求，净水器需要浸泡24小时测试，检测浸泡后的水中是否从材料中溶解有害物质，这样才能确保材料的。